คณะรัฐมนตรีจัดการประชุมนัดพิเศษเมื่อวันที่ 27 กันยายน โดยมีนายอนุทิน ชาญวีรกูล นายกรัฐมนตรีและรัฐมนตรีว่าการกระทรวงมหาดไทยเป็นประธาน ที่ประชุมมีมติกำหนดให้วันจันทร์ที่ 28 และวันอังคารที่ 29 กันยายน เป็นวันหยุดราชการกรณีพิเศษของหน่วยงานราชการในพื้นที่กรุงเทพมหานครและสามจังหวัดใกล้เคียง ได้แก่ นนทบุรี ปทุมธานี และสมุทรปราการ มาตรการนี้เป็นความเคลื่อนไหวล่าสุดของรัฐบาลในการรับมือกับสถานการณ์น้ำท่วมรุนแรงที่เกิดจากฝนตกหนักต่อเนื่องหลายวัน โดยมีวัตถุประสงค์เพื่อลดความเสี่ยงในการเดินทางของประชาชน และเปิดโอกาสให้หน่วยงานเร่งดำเนินการระบายน้ำและให้ความช่วยเหลือผู้ประสบภัย
สถานการณ์ที่นำไปสู่การประกาศวันหยุดพิเศษครั้งนี้ คือฝนตกหนักผิดปกติที่ถล่มกรุงเทพมหานครตั้งแต่ช่วงปลายเดือนกันยายน โดยเหตุการณ์ฝนตกหนักต่อเนื่องนี้กินเวลาตั้งแต่วันที่ 24 ถึง 29 กันยายน รวมประมาณ 5 วัน และมีรายงานว่าบางพื้นที่ของกรุงเทพฯ มีปริมาณฝนสะสมเกิน 300 มิลลิเมตรภายในเวลาเพียง 48 ชั่วโมง และบางจุดสูงกว่า 330 มิลลิเมตร ถือเป็นความรุนแรงของฝนที่ไม่ค่อยพบเห็นในรอบหลายปี ฝนที่ตกหนักทำให้ถนนสายหลักมากกว่า 37 จุดมีน้ำท่วมขังและการจราจรเป็นอัมพาต กรุงเทพมหานครประกาศให้พื้นที่กรุงเทพฯ เป็นเขตประสบภัยพิบัติอย่างเป็นทางการในช่วงเช้าของวันที่ 26 กันยายน ซึ่งถือเป็นหนึ่งในมาตรการตอบโต้ระดับสูงสุดของหน่วยงานต่อวิกฤตน้ำท่วมรอบนี้ โดยหน่วยงานอุตุนิยมวิทยาระบุว่าสาเหตุหลักมาจากหย่อมความกดอากาศต่ำร่วมกับร่องมรสุมที่มีกำลังแรง
ต่อมากรุงเทพมหานครได้ประกาศให้ทั้ง 50 เขตของกรุงเทพฯ เป็นพื้นที่ประสบภัยพิบัติ สะท้อนถึงขอบเขตและความรุนแรงของวิกฤตน้ำท่วมครั้งนี้ โดยเขตลาดกระบังทางฝั่งตะวันออกของกรุงเทพฯ ได้รับผลกระทบหนักที่สุด มีผู้ได้รับผลกระทบสูงสุดราว 40,000 คนในช่วงหนึ่ง ขณะที่เขตบางกะปิ คันนายาว หลักสี่ และสะพานสูง ยังคงมีน้ำท่วมขังระดับสูงต่อเนื่องเป็นเวลานานและระบายน้ำได้ยาก นอกจากนี้ ถนนสายสำคัญด้านการค้าของกรุงเทพฯ หลายสาย เช่น ถนนเพชรบุรี ถนนรามคำแหง ถนนอโศก ถนนสุขุมวิท และถนนลาดพร้าว ก็ถูกน้ำท่วมในช่วงหนึ่ง ส่งผลกระทบอย่างหนักต่อการดำเนินกิจกรรมทางเศรษฐกิจในย่านการค้าหลายแห่งของเมือง
วิกฤตน้ำท่วมครั้งนี้ส่งผลกระทบต่อชีวิตประชาชนในวงกว้าง จากการประเมินของหน่วยงานที่เกี่ยวข้อง มีครัวเรือนได้รับผลกระทบราว 52,000 ครัวเรือน และมีผู้ถูกอพยพไปยังศูนย์พักพิงชั่วคราวเกือบ 4,900 คน ซึ่งรวมถึงผู้ป่วยติดเตียง ผู้สูงอายุ และกลุ่มเปราะบางอื่น ๆ โดยบางส่วนถูกย้ายไปรับการดูแลที่โรงพยาบาลหรือสถานพยาบาลอื่น ๆ กรุงเทพมหานครมีคำสั่งปิดโรงเรียนในสังกัดกว่า 400 แห่งเมื่อวันที่ 28 กันยายน เพื่อความปลอดภัยของนักเรียนและครู แม้ฝนในบางพื้นที่จะเบาลงแล้ว แต่น้ำยังท่วมขังต่อเนื่องในพื้นที่รอบนอกเมือง หน่วยงานที่เกี่ยวข้องประเมินว่าแม้ฝนจะหยุดตกแล้ว การระบายน้ำท่วมขังทั้งหมดออกจากพื้นที่เมืองยังต้องใช้เวลาอีก 2-3 วัน
ตามประกาศของคณะรัฐมนตรี วันหยุดราชการกรณีพิเศษครั้งนี้ให้ผลบังคับเฉพาะหน่วยงานราชการในพื้นที่กรุงเทพมหานคร นนทบุรี ปทุมธานี และสมุทรปราการเท่านั้น ถือเป็นการประกาศหยุดราชการเฉพาะพื้นที่ ไม่ใช่วันหยุดนักขัตฤกษ์ทั่วประเทศ โดยบริการออนไลน์ของภาครัฐยังคงเปิดให้ประชาชนใช้งานตามปกติ ส่วนรัฐวิสาหกิจ สถาบันการเงิน ภาคเอกชน และโรงพยาบาล ให้พิจารณาความจำเป็นและความเหมาะสมของแต่ละหน่วยงานเองว่าจะหยุดหรือเปิดให้บริการตามปกติ ขณะเดียวกันตลาดหลักทรัพย์แห่งประเทศไทย (SET) ระบุว่าจะเปิดทำการซื้อขายตามปกติ ไม่ได้รับผลกระทบจากประกาศวันหยุดพิเศษครั้งนี้ เพื่อรักษาความเชื่อมั่นของตลาด
เพื่อให้สอดคล้องกับมาตรการวันหยุดพิเศษและลดภาระการเดินทางของประชาชนเพิ่มเติม กระทรวงคมนาคมได้ประกาศขยายเวลายกเว้นการจัดเก็บค่าผ่านทางพิเศษทั้ง 8 สายทางทั่วประเทศ โดยขยายระยะเวลายกเว้นค่าผ่านทางต่อเนื่องไปจนถึงเวลา 24.00 น. ของวันที่ 29 กันยายน เพื่ออำนวยความสะดวกให้ประชาชนในพื้นที่ที่ได้รับผลกระทบจากน้ำท่วมสามารถเดินทางกลับบ้านหรือหลีกเลี่ยงเส้นทางที่มีปัญหาได้สะดวกขึ้น ลดความล่าช้าและการรวมตัวแน่นขนัดที่ด่านเก็บเงิน มาตรการด้านการจราจรนี้ถือเป็นส่วนเสริมสำคัญของนโยบายวันหยุดพิเศษ ซึ่งสะท้อนว่ารัฐบาลให้ความสำคัญกับความต้องการด้านการเดินทางที่แท้จริงของประชาชนในช่วงวิกฤต
วิกฤตน้ำท่วมครั้งนี้ยังสร้างความเสียหายทางเศรษฐกิจให้แก่กรุงเทพมหานครอย่างมีนัยสำคัญ ศูนย์พยากรณ์เศรษฐกิจและธุรกิจ มหาวิทยาลัยหอการค้าไทย ประเมินว่าความเสียหายทางเศรษฐกิจในพื้นที่กรุงเทพฯ ระหว่างวันที่ 25-29 กันยายนเพียงอย่างเดียวอาจสูงถึงประมาณ 12,280 ล้านบาท หรือคิดเป็นราว 0.066% ของจีดีพีประจำปีของไทย ขณะที่หากนับรวมความเสียหายทั่วประเทศ มีการประเมินโดยหน่วยงานอื่นว่าอาจสูงถึงประมาณ 25,300 ล้านบาท ภาคธุรกิจที่ได้รับผลกระทบหนักเป็นพิเศษ ได้แก่ ร้านอาหาร ค้าปลีก และการท่องเที่ยว ผู้ประกอบการร้านอาหารบางรายระบุว่ายอดขายลดลงถึงราว 80% เนื่องจากการจราจรติดขัดทำให้ลูกค้าลดลงและพนักงานเดินทางมาทำงานไม่ได้ ประกอบกับปัญหาห่วงโซ่อุปทานวัตถุดิบสด เช่น ผักและผลไม้ที่ราคาสูงขึ้น และในบางพื้นที่มีประชาชนกักตุนอาหารและของใช้จำเป็น
ก่อนหน้านี้ นายอนุทิน ชาญวีรกูล นายกรัฐมนตรี อยู่ระหว่างการเดินทางเยือนต่างประเทศที่กรุงลอนดอน แต่เนื่องจากสถานการณ์น้ำท่วมในประเทศทวีความรุนแรง จึงเดินทางกลับประเทศไทยก่อนกำหนดเมื่อวันที่ 27 กันยายน และเป็นประธานการประชุมเร่งด่วนเพื่อวางแผนรับมือสถานการณ์ทันที โดยมีคำสั่งให้หน่วยงานด้านอุตุนิยมวิทยา การบริหารจัดการน้ำ การป้องกันและบรรเทาสาธารณภัย การชลประทาน การขนส่ง และความมั่นคง ใช้ข้อมูลชุดเดียวกันในการตัดสินใจ พร้อมประสานงานอย่างใกล้ชิดกับกรุงเทพมหานครและจังหวัดที่ได้รับผลกระทบโดยรอบ เพื่อป้องกันความล่าช้าจากข้อมูลที่ไม่เป็นเอกภาพ นายอนุทินให้คำมั่นว่าจะเร่งการระบายน้ำและการช่วยเหลือผู้ประสบภัยให้เร็วขึ้น โดยจะให้ความสำคัญกับพื้นที่ที่ได้รับผลกระทบรุนแรงที่สุดและกลุ่มเปราะบางเป็นอันดับแรก
ในด้านปฏิบัติการช่วยเหลือผู้ประสบภัยที่เป็นรูปธรรม กระทรวงกลาโหมและกระทรวงเกษตรและสหกรณ์ได้ระดมเครื่องสูบน้ำ รถบรรทุก และเรือยางเข้าช่วยเหลือประชาชนที่ได้รับผลกระทบ ขณะที่นายอนุทินได้ลงพื้นที่ด้วยตนเองเพื่อเยี่ยมผู้ประสบภัยและมอบสิ่งของบรรเทาทุกข์ที่ชุมชนแฟลตคลองจั่นซึ่งเป็นหนึ่งในพื้นที่ที่ได้รับผลกระทบหนัก รัฐบาลยืนยันว่าจะจัดสรรงบประมาณจากงบกลางที่เหลืออยู่มากกว่า 4,000 ล้านบาท เพื่อใช้ในการให้ความช่วยเหลือและฟื้นฟูพื้นที่ประสบภัยน้ำท่วมทั่วประเทศ โดยเจ้าหน้าที่ระบุว่าสิ่งของบรรเทาทุกข์ ทั้งอาหาร น้ำดื่ม และของใช้จำเป็น จะถูกจัดส่งไปยังพื้นที่ที่ได้รับผลกระทบรุนแรงที่สุดและกลุ่มเปราะบางเป็นลำดับแรก
วิกฤตน้ำท่วมครั้งนี้ยังก่อให้เกิดเสียงวิพากษ์วิจารณ์อย่างกว้างขวางในสังคม จากการสำรวจพบว่าประเด็นน้ำท่วมกรุงเทพฯ สร้างการมีส่วนร่วมบนสื่อสังคมออนไลน์มากกว่า 40 ล้านครั้ง โดยประชาชนติดตามประกาศเตือนฝน สถานะถนนที่น้ำท่วม และสถานการณ์ในชุมชนของตนเองผ่านโลกออนไลน์อย่างต่อเนื่อง ในช่วงพีค ปริมาณข้อความที่เกี่ยวข้องพุ่งขึ้นจากราว 117 ข้อความต่อชั่วโมงในภาวะปกติ เป็นราว 6,400 ข้อความต่อชั่วโมง สะท้อนความสนใจของประชาชนต่อข้อมูลสถานการณ์และความคืบหน้าการช่วยเหลืออย่างสูง ท่ามกลางเสียงวิจารณ์ระบบระบายน้ำและประสิทธิภาพการบริหารจัดการ นายอนุทินได้ออกมากล่าวขอโทษต่อประชาชนที่ได้รับผลกระทบเมื่อวันที่ 29 กันยายน โดยระบุว่ารัฐบาลจะไม่ท้อถอยต่อข้อวิจารณ์ และจะรับฟังความเห็นของประชาชนเพื่อเร่งการระบายน้ำและให้ความช่วยเหลือให้เร็วขึ้น ขณะที่หน่วยงานที่เกี่ยวข้องยอมรับว่าคลองระบายน้ำในกรุงเทพฯ มีระดับน้ำสูงใกล้เต็มความจุจากฝนที่ตกต่อเนื่องหลายวัน ทำให้การเร่งสูบระบายน้ำเป็นไปด้วยความยากลำบาก
จนถึงวันที่ 29 กันยายน สถานการณ์น้ำท่วมในบางพื้นที่ของกรุงเทพมหานครมีแนวโน้มคลี่คลายลงตามปริมาณฝนที่ลดลง แต่พื้นที่รอบนอกยังคงมีน้ำท่วมขังอยู่ และการระบายน้ำยังดำเนินต่อไปอย่างต่อเนื่อง หลายหน่วยงานยังคงเฝ้าติดตามสถานการณ์และระดับน้ำในแม่น้ำลำคลองอย่างใกล้ชิด เพื่อป้องกันไม่ให้น้ำท่วมกลับมาซ้ำอีกหลังพ้นช่วงวันหยุดพิเศษ การประกาศวันหยุดราชการกรณีพิเศษในกรุงเทพมหานครและสามจังหวัดครั้งนี้ เป็นหนึ่งในมาตรการเชิงบูรณาการของรัฐบาลไทยในการรับมือกับวิกฤตน้ำท่วมรอบนี้ ซึ่งครอบคลุมทั้งการประกาศหยุดราชการ การยกเว้นค่าผ่านทาง การจัดตั้งศูนย์บัญชาการร่วมระหว่างหน่วยงาน การจัดสรรงบประมาณเฉพาะกิจ และการกระจายสิ่งของบรรเทาทุกข์ โดยมุ่งหวังให้เมืองกลับสู่สภาวะปกติได้เร็วที่สุด นักวิเคราะห์มองว่าการตอบสนองอย่างรวดเร็วและกลไกการประสานงานข้ามพื้นที่ในครั้งนี้ อาจเป็นบทเรียนสำคัญสำหรับการเตรียมความพร้อมรับมือฝนตกหนักตามฤดูกาลและปัญหาน้ำท่วมขังในเมือง รวมถึงการปรับปรุงโครงสร้างพื้นฐานด้านการระบายน้ำของไทยในอนาคต